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A new methodology for the analysis and validation of clusters and biclusters of genes
| Summary: | A era da pós-genómica e das tecnologias de larga escala traz consigo a necessidade de desenvolver novos métodos para lidar com grandes quantidades de dados. Para tal, têm sido aplicados algoritmos de clustering e biclustering em bioinformática para descobrir padrões em dados biológicos. A validação dos resultados de clustering e de biclustering é essencial para a sua análise. Esta dissertação propõe uma nova metodologia para validar resultados de clustering e biclustering. A metodologia transpõe conceitos do algoritmo PageRank para ordenação dos termos da Gene Ontology associados a um cluster. O significado biológico de cada conjunto de genes é determinado pelos termos no topo da ordenação. A metodologia de validação foi concretizada numa nova ferramenta, denominada TermRank, e foi avaliada através da caracterização de um conjunto de clusters artificiais. A metodologia foi também utilizada para validar o resultado de um algoritmo de biclustering aplicado a dados reais de um estudo sobre a resposta global de Saccharomyces cerevisiae a um stress químico. A avaliação da ferramenta TermRank mostrou que esta produz caracterizações correctas dos clusters gerados artificialmente e que o algoritmo de biclustering gera biclusters compostos por genes relacionados entre si. |
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| Main Authors: | Lourenço, Artur Pedro Duarte Reis Bastos |
| Subject: | Biclusters Validação biológica de agrupamentos de genes Bioinfomática Information retrieval Teses de mestrado - 2006 |
| Year: | 2006 |
| Country: | Portugal |
| Document type: | master thesis |
| Access type: | restricted access |
| Associated institution: | Universidade de Lisboa |
| Language: | English |
| Origin: | Repositório da Universidade de Lisboa |
| Summary: | A era da pós-genómica e das tecnologias de larga escala traz consigo a necessidade de desenvolver novos métodos para lidar com grandes quantidades de dados. Para tal, têm sido aplicados algoritmos de clustering e biclustering em bioinformática para descobrir padrões em dados biológicos. A validação dos resultados de clustering e de biclustering é essencial para a sua análise. Esta dissertação propõe uma nova metodologia para validar resultados de clustering e biclustering. A metodologia transpõe conceitos do algoritmo PageRank para ordenação dos termos da Gene Ontology associados a um cluster. O significado biológico de cada conjunto de genes é determinado pelos termos no topo da ordenação. A metodologia de validação foi concretizada numa nova ferramenta, denominada TermRank, e foi avaliada através da caracterização de um conjunto de clusters artificiais. A metodologia foi também utilizada para validar o resultado de um algoritmo de biclustering aplicado a dados reais de um estudo sobre a resposta global de Saccharomyces cerevisiae a um stress químico. A avaliação da ferramenta TermRank mostrou que esta produz caracterizações correctas dos clusters gerados artificialmente e que o algoritmo de biclustering gera biclusters compostos por genes relacionados entre si. |
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