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Predi??o da estrutura tridimensional de prote?nas utilizando o m?todo CReF com informa??es de contato
| Summary: | O modo como uma prote?na se enovela ? um problema de r?pida solu??o na natureza. Entretanto, mapear todas as possibilidades conformacionais que uma sequ?ncia de res?duos de amino?cidos pode assumir n?o ? uma tarefa trivial. Desta maneira, o problema da predi??o de estrutura apresenta diferentes m?todos computacionais e solu??es aproximadas. Entre esses, o CReF (Central Residue Fragment-based method). Nos ?ltimos anos, abordagens que utilizam informa??es de contato entre res?duos apresentaram resultados promissores para a predi??o da estrutura 3D. Assim, nesta disserta??o, a incorpora??o das informa??es de contato ao m?todo CReF foi realizada. Para tanto, altera??es funcionais e metodol?gicas foram necess?rias. Adicionalmente, quest?es relacionadas ? avalia??o e a amostragem das conforma??es foram cruciais para que as informa??es de contatos pudessem ser utilizadas. Para o primeiro, um modelo de RMSDpredito baseado em um potencial at?mico dependente de dist?ncia, contatos de curto, m?dio e longo alcance foi desenvolvido. Para o segundo, um m?dulo de simula??o molecular baseado em simulated annealing foi acoplado. Ademais, uma fun??o baseada nos mesmos termos do modelo de predi??o de RMSD foi proposta com o objetivo de mimetizar uma fun??o de energia. Um conjunto de prote?nas foi avaliado, o qual mostrou que ao se ter as informa??es de contato, ? poss?vel chegar em conforma??es de baixa energia e baixo RMSD. Assim, apresentamos uma nova vers?o para o m?todo CReF com informa??es de contato, uma fun??o para calcular a energia do sistema e um m?todo de simula??o molecular. |
|---|---|
| Main Authors: | Marques, Flavielle Blanco |
| Subject: | Bioinform?tica Predi??o de Estruturas de Prote?nas Contato Bioinformatics Protein Structure Prediction Contact CIENCIA DA COMPUTACAO::TEORIA DA COMPUTACAO |
| Year: | 2021 |
| Country: | Brazil |
| Document type: | master thesis |
| Access type: | open access |
| Associated institution: | IBICT |
| Language: | Portuguese |
| Origin: | Oasisbr |
| Summary: | O modo como uma prote?na se enovela ? um problema de r?pida solu??o na natureza. Entretanto, mapear todas as possibilidades conformacionais que uma sequ?ncia de res?duos de amino?cidos pode assumir n?o ? uma tarefa trivial. Desta maneira, o problema da predi??o de estrutura apresenta diferentes m?todos computacionais e solu??es aproximadas. Entre esses, o CReF (Central Residue Fragment-based method). Nos ?ltimos anos, abordagens que utilizam informa??es de contato entre res?duos apresentaram resultados promissores para a predi??o da estrutura 3D. Assim, nesta disserta??o, a incorpora??o das informa??es de contato ao m?todo CReF foi realizada. Para tanto, altera??es funcionais e metodol?gicas foram necess?rias. Adicionalmente, quest?es relacionadas ? avalia??o e a amostragem das conforma??es foram cruciais para que as informa??es de contatos pudessem ser utilizadas. Para o primeiro, um modelo de RMSDpredito baseado em um potencial at?mico dependente de dist?ncia, contatos de curto, m?dio e longo alcance foi desenvolvido. Para o segundo, um m?dulo de simula??o molecular baseado em simulated annealing foi acoplado. Ademais, uma fun??o baseada nos mesmos termos do modelo de predi??o de RMSD foi proposta com o objetivo de mimetizar uma fun??o de energia. Um conjunto de prote?nas foi avaliado, o qual mostrou que ao se ter as informa??es de contato, ? poss?vel chegar em conforma??es de baixa energia e baixo RMSD. Assim, apresentamos uma nova vers?o para o m?todo CReF com informa??es de contato, uma fun??o para calcular a energia do sistema e um m?todo de simula??o molecular. |
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