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Desenvolvimento de workflow científico para bioinformática
| Summary: | Workflows Científicos, além de utilizar serviços web garantindo a integração entre bancos de dados biológicos, oferecem uma infra-estrutura para automatização dos processos que permite projetar, reusar, anotar, validar, compartilhar e documentar experimentos científicos para a bioinformática com o propósito de facilitar o trabalho dos biólogos. O objetivo principal deste trabalho é utilizar a ferramenta Taverna Workbench para criar um workflow científico. Para tanto, realizou-se uma análise do funcionamento existente no laboratório de biotecnologia e modelou-se um workflow para a geração do arquivo em formato FASTA, contendo as seqüências genéticas, e do arquivo em formato PDB, contendo as coordenadas da imagem gráfica de uma proteína existente nos bancos de dados públicos de estruturas. Para realizar a geração destes arquivos é necessário executar a consulta dos dados e recuperar as informações biológicas, através de serviços que acessam e manipulam diferentes bancos de dados públicos. A integração destes bancos de dados, e a interoperabilidade entre as diferentes ferramentas para acesso são recursos das ferramentas de workflows científicos utilizados na bioinformática (sic). |
|---|---|
| Main Authors: | Paris, Renata de |
| Subject: | Bioinformática Processamento de dados Fluxo de trabalho |
| Year: | 2016 |
| Country: | Brazil |
| Document type: | bachelor thesis |
| Access type: | open access |
| Associated institution: | IBICT |
| Language: | Portuguese |
| Origin: | Oasisbr |
| Summary: | Workflows Científicos, além de utilizar serviços web garantindo a integração entre bancos de dados biológicos, oferecem uma infra-estrutura para automatização dos processos que permite projetar, reusar, anotar, validar, compartilhar e documentar experimentos científicos para a bioinformática com o propósito de facilitar o trabalho dos biólogos. O objetivo principal deste trabalho é utilizar a ferramenta Taverna Workbench para criar um workflow científico. Para tanto, realizou-se uma análise do funcionamento existente no laboratório de biotecnologia e modelou-se um workflow para a geração do arquivo em formato FASTA, contendo as seqüências genéticas, e do arquivo em formato PDB, contendo as coordenadas da imagem gráfica de uma proteína existente nos bancos de dados públicos de estruturas. Para realizar a geração destes arquivos é necessário executar a consulta dos dados e recuperar as informações biológicas, através de serviços que acessam e manipulam diferentes bancos de dados públicos. A integração destes bancos de dados, e a interoperabilidade entre as diferentes ferramentas para acesso são recursos das ferramentas de workflows científicos utilizados na bioinformática (sic). |
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