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Caracterização do retrotransposon 412 em espécies do gênero Drosophila
| Summary: | Elementos Transponíveis (TEs) são sequências de DNA que possuem a capacidade de se mobilizar dentro do genoma hospedeiro ou horizontalmente entre genomas distintos. À dinâmica destes elementos nos genomas é atribuída grande importância evolutiva por atuarem como fontes de recombinações e de novidades genéticas. A compreensão das questões acerca da dinâmica, diversidade e evolução dos TEs tem sido intensamente estudada no genoma de espécies de Drosophila, por tratar-se de um eficiente modelo para estudos genéticos. O TE 412, descrito originalmente em Drosophila melanogaster, pertence à superfamília Ty3 (retrotransposon) e já foi encontrado no genoma de várias espécies do gênero Drosophila, por técnicas de hibridização, apresentando considerado grau de polimorfismos em suas cópias. Investigar a natureza desta diversidade de cópias pode ser uma ferramenta útil para compreender melhor a história evolutiva deste TE nos genomas de Drosophila, bem como para colaborar com a construção da filogenia das próprias espécies do gênero. Com o objetivo de detectar a presença deste elemento em diferentes espécies do gênero Drosophila, caracterizar molecularmente as possíveis cópias encontradas e avaliar suas similaridades, foi realizada amplificação por PCR utilizando iniciadores para 412 de D. melanogaster em 11 espécies do subgênero Drosophila, nove espécies do subgênero Sophophora e uma espécie do subgênero Dorsilopha. Produtos da amplificação foram hibridizados por Southern blot utilizando como sonda o fragmento interno do elemento 412 de D. melanogaster. Fragmentos amplificados foram purificados e submetidos a sequenciamento. Dentre as 21 espécies estudadas, 14 apresentaram amplificação do elemento 412, entretanto, apenas em D. funebris, D. buzzatii, D. kikkawai e D. simulans, além de D. melanogaster, sua presença foi confirmada pela hibridização, com evidente variação no padrão apresentado, o que sugere uma possível vii diferença nas cópias encontradas nestas espécies, com divergência, inclusive, entre as espécies de um mesmo grupo. Apenas o fragmento isolado de D. simulans (White) resultou em uma sequência com qualidade para análise. Esta sequência foi analisada in silico através da ferramenta BLAST e demonstrou alta similaridade com o elemento canônico de D. melanogaster (89%) e com outras regiões do genoma de D. melanogaster e D. sechelia. Nossos dados reforçam as informações disponíveis na literatura acerca da ampla distribuição deste TE entre as espécies do gênero Drosophila sob uma abordagem molecular. |
|---|---|
| Main Authors: | Santos, Leandro Amancio dos |
| Subject: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS Elementos Transponíveis Drosophila melanogaster Drosophila simulans Drosophila melanogaster Transposable Elements |
| Year: | 2019 |
| Country: | Brazil |
| Document type: | bachelor thesis |
| Access type: | open access |
| Associated institution: | IBICT |
| Language: | Portuguese |
| Origin: | Oasisbr |
| Summary: | Elementos Transponíveis (TEs) são sequências de DNA que possuem a capacidade de se mobilizar dentro do genoma hospedeiro ou horizontalmente entre genomas distintos. À dinâmica destes elementos nos genomas é atribuída grande importância evolutiva por atuarem como fontes de recombinações e de novidades genéticas. A compreensão das questões acerca da dinâmica, diversidade e evolução dos TEs tem sido intensamente estudada no genoma de espécies de Drosophila, por tratar-se de um eficiente modelo para estudos genéticos. O TE 412, descrito originalmente em Drosophila melanogaster, pertence à superfamília Ty3 (retrotransposon) e já foi encontrado no genoma de várias espécies do gênero Drosophila, por técnicas de hibridização, apresentando considerado grau de polimorfismos em suas cópias. Investigar a natureza desta diversidade de cópias pode ser uma ferramenta útil para compreender melhor a história evolutiva deste TE nos genomas de Drosophila, bem como para colaborar com a construção da filogenia das próprias espécies do gênero. Com o objetivo de detectar a presença deste elemento em diferentes espécies do gênero Drosophila, caracterizar molecularmente as possíveis cópias encontradas e avaliar suas similaridades, foi realizada amplificação por PCR utilizando iniciadores para 412 de D. melanogaster em 11 espécies do subgênero Drosophila, nove espécies do subgênero Sophophora e uma espécie do subgênero Dorsilopha. Produtos da amplificação foram hibridizados por Southern blot utilizando como sonda o fragmento interno do elemento 412 de D. melanogaster. Fragmentos amplificados foram purificados e submetidos a sequenciamento. Dentre as 21 espécies estudadas, 14 apresentaram amplificação do elemento 412, entretanto, apenas em D. funebris, D. buzzatii, D. kikkawai e D. simulans, além de D. melanogaster, sua presença foi confirmada pela hibridização, com evidente variação no padrão apresentado, o que sugere uma possível vii diferença nas cópias encontradas nestas espécies, com divergência, inclusive, entre as espécies de um mesmo grupo. Apenas o fragmento isolado de D. simulans (White) resultou em uma sequência com qualidade para análise. Esta sequência foi analisada in silico através da ferramenta BLAST e demonstrou alta similaridade com o elemento canônico de D. melanogaster (89%) e com outras regiões do genoma de D. melanogaster e D. sechelia. Nossos dados reforçam as informações disponíveis na literatura acerca da ampla distribuição deste TE entre as espécies do gênero Drosophila sob uma abordagem molecular. |
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