A investigação arqueológica tem demonstrado que as características da costa continental portuguesa, linear e muito exposta à ondulação, são desfavoráveis à conservação de contextos subaquáticos. Exceptuam-se as zonas estuarinas ou lagunares, que têm revelado nas últimas décadas importantes vestígios submersos, como o rio Arade, ou as áreas soterradas pelo desenvolvimento de zonas ribeirinhas, como é o caso do navio do Cais do Sodré, em Lisboa. Neste contexto, a Ria de Aveiro constitui um caso singular, quer pelo número, quer pela diversidade dos vestígios, protegidos durante séculos pelo assoreamento que deu origem a este sistema estuarino-lagunar de pouca profundidade. Entre os vestígios arqueológicos mais importantes, conta-se um contexto portuário num dos canais de acesso à cidade e três sítios de naufrágio do período medieval-moderno.

Esta tese é sobre a filosofia da natureza de Robert Boyle que subjaz à sua investigação experimental da natureza. Uma vez que Boyle é um dos mais conhecidos promotores da filosofia mecânica ou corpuscular, é frequente encontrar-se autores que lhe atribuem uma filosofia da natureza mecanicista, segundo a qual a matéria é inerte e as entidades naturais carecem de poderes ativos. Esta interpretação casa bem com a ideia, também atribuída a Boyle por muitos autores, segundo a qual as leis da natureza são impostas por Deus, a todo o momento, ao mundo. Dado que a matéria é meramente passiva, a fonte da atividade e da ordem na natureza tem de proceder de fora da natureza. O principal objetivo deste trabalho é averiguar se, de facto, a filosofia da natureza de Boyle é mecanicista ou se, pelo contrário, pressupõe que a atividade que se observa no mundo procede dos poderes causais que os corpos possuem em virtude das suas essências. Há boas razões para interpretar a filosofia da natureza de Boyle deste modo, uma vez que invoca frequentemente as naturezas dos corpos, os seus poderes e tendências, para explicar os fenómenos naturais. Existem também razões fortes para considerar que a ordem que se observa na natureza procede das essências dos seres naturais. Uma vez que um dos principais motivos que leva a pensar que Boyle tem em mente uma filosofia da natureza mecanicista é a excelência que atribui à sua hipótese mecânica, este trabalho começa pela consideração do papel da hipótese mecânica no estudo experimental da natureza.